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TapeStation自动化电泳系统,让您实现快速可靠的cfDNA样本质控

版权所有,转载请联系基因市场部
2021-06-28

      Cell-free DNA(以下简称cfDNA)是与健康相关的重要的生物标志物。随着二代测序技术低样本量文库制备技术的发展,cfDNA的测序成为可能。但是由于其低得率和片段大小的复杂性,cfDNA的测序仍是二代测序的挑战。因此,对cfDNA的质控就显得尤为重要。

      为确保下游文库制备有足够的上样量,对cfDNA的浓度测定是必须的。传统的进行cfDNA浓度测定的方法主要是荧光法(如Qubit),但是这种方法只能得到total DNA的浓度,无法区分cfDNA亚组分和可能存在的高分子量DNA。而高分子量DNA污染也会影响下游的文库产量和测序质量。

       4150 TapeStation/4200 TapeStation自动化电泳系统结合Cell-free DNA ScreenTape assay可以获得除去高分子量DNA污染后的cfDNA亚组份的浓度以及%cfDNA即cfDNA占总DNA的百分比,让您轻松实现对cfDNA的精确质控。





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       Agilent 4150/4200 TapeStation自动化电泳系统采用全自动样品处理和ScreenTape预制胶技术,让您实现简单、快速的自动化电泳。

       选择合适的ScreenTape胶条,将放置于8连管或96孔板的样品、胶条放进仪器,点击运行,之后的所有的移液、加样、检测工作均由系统自动完成。仅需1~2ul样品,仅需1~2分钟时间即可获得一个样品的结果。

更多关于Agilent 4150/4200 TapeStation的介绍,请见往期链接:

一分钟教你玩转自动化电泳


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4150/4200对cfDNA的质控表现

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%cfDNA准确的反应cfDNA的百分比

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      为了验证4150和4200 TapeStation对cfDNA含量百分比测定的准确性和重复性,将不同比例的片段化的gDNA掺入到cfDNA含量为85%的标准品中,形成梯度为10%cfDNA~85%cfDNA标准品。采用Cell-free DNA ScreenTape assay进行检测,每个梯度进行24次重复,将TapeStation给出的%cfDNA值与理论值相比较。结果显示,对cfDNA含量百分比的实测值与理论值线性相关性R2高达0.993(如图一)。平均准确性偏差为3.8%,平均重复性CV为3.3%。表明%cfDNA可以准确的反应cfDNA在总DNA中的含量百分比。

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图一



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高灵敏度

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      采用Cell-free DNA ScreenTape assay可检测低至20pg/μL的single peak。为了验证其检测灵敏度,分别对20pg/μL的200bp的DNA片段(蓝色)和20pg/μL的cfDNA(红色)进行检测,每个样品5个重复。结果显示,无论是DNA片段还是cfDNA样品,均可明显观察到区别于背景的峰,且其荧光信号与背景信号的比值即信噪比(S/N)均大于3(如图二),表明可以检测低至20pg/μL的片段或cfDNA。

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图二



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对cfDNA进行准确和可重复的浓度检测

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      Cell-free DNA ScreenTape assay通过自动化电泳根据分子量大小进行cfDNA的分离。可以获得获得除去高分量DNA污染外的cfDNA亚组份的浓度。其线性定量范围为100~4000pg/μL。

      为了验证Cell-free DNA ScreenTape assay对cfDNA浓度测定的准确性和重复性,将cfDNA稀释成浓度范围为200~4000pg/μL的标准品,分别用Qubit(n=3)、4150(n=24)和4200(n=24)进行检测,结果显示,4150和4200 TapeStation测得结果与Qubit表现出高度一致性,R2接近于1(如图三),表明可以准确的检测200~4000pg/μL范围的cfDNA的浓度。浓度测定重复性CV值均小于9%(如图四),表明在此范围内对cfDNA浓度的检测具有很好的重复性。

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图三

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图四



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对cfDNA片段大小进行准确和可重复的检测

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      Cell-free DNA ScreenTape assay可实现50~800bp范围的片段的分析。为了验证其对片段大小测定的准确性,将3组含有10个不同分子量大小的片段(分子量介于50~700bp)的DNA ladder作为样品分别进行检测(n=175)。结果显示,对DNA片段检测的准确性偏差小于4%,重复性CV小于3%(如图五)。表明在可对此范围内的片段实现准确、可重复的分子量大小检测。

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图五


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往期链接:一分钟教你玩转自动化电泳

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基因有限公司作为Agilent自动化电泳产品的全线代理商,为您提供基于预制胶、微流控芯片和毛细管三种不同电泳方式的全面、灵活的自动化电泳解决方案。


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